Από τους Οθωμανούς κατακτήθηκε το 1458, οπότε και εγκαταλείφθηκε σταδιακά, ενώ σύμφωνα με τις πηγές το 1469 ήταν πλέον μια κατεστραμμένη πολιτεία. Σήμερα, από τις πολλές εκκλησίες που υπήρχαν στην πόλη -ο θρύλος τις ήθελε όσες και οι μέρες του χρόνου-σώζεται μόνον η Παναγία η Μουχλιώτισσα.
Ο ναός της, καθώς κι ένας ψηλός πύργος, είναι τα πιο καλοδιατηρημένα μνημεία του ερειπιώνα.
Μέχρι χτες το Μουχλί δεν προστατευόταν από κανένα θεσμικό πλαίσιο, εκτός ίσως από τον θρύλο που μιλούσε για τρεις κρήνες, γεμάτη χρυσάφι η πρώτη, νερό η δεύτερη και φίδια η τρίτη, που έτσι και απελευθερώνονταν θα κατέστρεφαν όλη την περιοχή. Η αλλαγή συντελέστηκε με την ομόφωνη γνωμοδότηση των μελών του Κεντρικού Αρχαιολογικού Συμβουλίου, που έδωσαν το «πράσινο φως» στην κήρυξη της περιοχής σε αρχαιολογικό χώρο.
«Στο Μουχλί, επειδή εγκαταλείφθηκε αμέσως μετά την οθωμανική κατάκτηση, υπάρχουν μόνον βυζαντινά κατάλοιπα, γεγονός που το καθιστά πολύτιμο και μοναδικό μνημείο», δήλωσε ο Δημήτρης Αθανασούλης, μέλος του Συμβουλίου και προϊστάμενος της 25ης Εφορείας Βυζαντινών Αρχαιοτήτων, στην αρμοδιότητα της οποίας ανήκει και ο νομός Αρκαδίας.
Προς τα βόρεια -εντός των ορίων του νέου αρχαιολογικού χώρου— βρίσκεται και το μέρος όπου κάποτε υπήρχε το Ιερό της Αρτέμιδος Αγροτέρας, από το οποίο οι μοναδικές ενδείξεις για την ύπαρξή του είναι τα ευρήματα που εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο της Τεγέας.
