Το κενό στο σύστημα ασφαλείας του υπουργείου Προστασίας του Πολίτης και τη διαδρομή του παγιδευμένου δέματος αναζητούν οι αξιωματικοί της αντιτρομοκρατικής. Μια εκδοχή που εξετάζεται είναι το φονικό πακέτο να εστάλη στο υπουργείο μέσω του πολιτικού γραφείου του Μιχάλη Χρυσοχοϊδη. Στην περίπτωση αυτή η αλληλογραφία και τα αντικείμενα δεν ελέγχονται αφού θεωρείται οτι έχουν ήδη ελεγχθεί εξονυχιστικά. Πάντως, η εκδοχή αυτή φαίνεται να συγκεντρώνει τις λιγότερες πιθανότητες.
Ενα από τα βασικά σενάρια που εξετάζεται είναι το παγιδευμένο δέμα να εστάλη μέσω των ΕΛΤΑ. Στο υπουργείο λειτουργεί από το καλοκαίρι γραφείο των ΕΛΤΑ στην είσοδο του κτιρίου. Η αλληλογραφία μέσω του συμβατικού ταχυδρομείου δεν ελέγχεται, εκτός αν υπάρχει κάτι που να προκαλεί υποψίες, καθως υποτίθεται έχει περάσει από το σύστημα ελέγχουν των Ελληνικών Ταχυδρομείων. Σύμφωνα με τους αξιωματικούς τα συστήματα ανίχνευσης λειτουργούσαν κανονικά. Ωστόσο ειδικοί αναφέρουν ότι τα μηχανήματα ακτίνων Χ μπερδεύονται όταν σκανάρουν ηλεκτρονικές συσκευές και υπάρχει το ενδεχόμενο να μην αναγνωρίσουν τον πυροκροτητή, στην περίπτωση που η συσκευή είναι παγιδευμένη. Ο Γιώργος Βασιλάκης, στενος συνεργάτης και σκιά του Μιχάλη Χρυσοχοϊδη για περισσότερο από 10 χρόνια, ήταν ο άνθρωπος που άνοιγε την αλληλογραφία του υπουργού. Λιγα λεπτά πριν από τη μοιραία έκρηξη είχε κλείσει το τηλέφωνο με τον υπασπιστή του αρχηγού της ΕΛΑΣ, στον οποίο ανέφερε ότι θα του έστελνε ένα φάκελο με μια σοβαρότατη καταγγελια πολίτη που έπρεπε να ελεγχθεί. Στη συνέχεια άνοιξε το μοιραίο κουτί , που έμοιζε με κουτί παπουτσιών, και σημειώθηκε η ισχυρότατη έκρηξη. Οι πρώτες ενδείξεις συνέδεαν τον εκρηκτικό μηχανισμό με αυτόν που χρησιμοποιήθηκε στις 28 Μαρτιου στα Κάτω Πάτησια με συνέπεια τον τραγικό θάνατο του νεαρού Αφγανού και τον σοβαρότατο τραυματισμό της αδερφής του.
