Τους όρους λειτουργίας των Σχολικών Επιτροπών καθορίζει απόφαση που υπέγραψε ο υπουργός Εσωτερικών Γιάννης Ραγκούσης, με στόχο τον εξορθολογισμό των δαπανών και την εύρυθμη λειτουργία των σχολείων, υπό το πρίσμα της πιστής εφαρμογής του Καλλικράτη.
Σύμφωνα με την απόφαση «η κατανομή των εγκεκριμένων πιστώσεων για την κάλυψη των αναγκών των σχολικών μονάδων γίνεται με απόφαση της Σχολικής Επιτροπής, λαμβάνοντας υπόψη κυρίως τον αριθμό των μαθητών, τον αριθμό των τμημάτων, τον αριθμό αιθουσών διδασκαλίας κλπ», καθώς και την παλαιότητα των κτιρίων, αλλά και τις ειδικότερες ανάγκες των σχολικών μονάδων.Οσον αφορά στη διοίκηση των Σχολικών Επιτροπών, που προκύπτουν από τη συγχώνευση κατά τις διατάξεις του άρθρου 240 του ΚΔΚ, ορίζονται οπωσδήποτε τουλάχιστον δύο διευθυντές, εκ των πέντε αρχαιοτέρων, των σχολικών μονάδων πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης, αντίστοιχα, καθώς και τουλάχιστον ένας εκπρόσωπος της αντίστοιχης ένωσης γονέων και τουλάχιστον ένας εκπρόσωπος των μαθητικών κοινοτήτων για τα σχολεία δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης.
Σημειώνεται επίσης ότι κατά τις συνεδριάσεις των Σχολικών Επιτροπών, όταν συζητούνται θέματα που αφορούν συγκεκριμένη σχολική μονάδα, καλείται ο οικείος διευθυντής σχολικής μονάδας, ο οποίος συμμετέχει με δικαίωμα ψήφου.
Με απόφαση παράλληλα των οικείων Σχολικών Επιτροπών, σε δήμους όπου υπάρχουν πάνω από δύο σχολικές μονάδες ή σχολικά συγκροτήματα ανά βαθμίδα, λειτουργεί για κάθε σχολείο ή σχολικό συγκρότημα, «Συμβούλιο Σχολικής Κοινότητας», το οποίο αποτελείται από τρία έως πέντε μέλη.