Η χρηματοδότηση του αναπτυξιακού προγράμματος, για την τοπική αυτοδιοίκηση, «Θησέας» (2005-2009) , θα συνεχιστεί μέχρι τις 31/12/2012, εφόσον τα προγράμματα είναι ενταγμένα μέχρι και την 31η Δεκεμβρίου του 2009, σύμφωνα με εγκύκλιο του υφυπουργού Εσωτερικών Γιώργου Ντόλιου.
Διευκρινίζεται δε στην εγκύκλιο ότι η χρηματοδότηση αφορά και «έργα, μελέτες και ενέργειες του προγράμματος, των οποίων η ημερομηνία ανακοίνωσης κατακύρωσης του αποτελέσματος της δημοπρασίας ή της απόφασης ανάθεσης του αρμόδιου οργάνου, σε περίπτωση κατά παρέκκλιση διαδικασίας είναι προγενέστερη της 25ης Ιουνίου του 2010.Επίσης, με την εγκύκλιο παρέχονται οδηγίες για την προσαρμογή του συστήματος διοίκησης και του συστήματος χρηματοδότησης του προγράμματος «Θησέας» έως τη λήξη του, για την αποπληρωμή των ενταγμένων έργων, με βάση τις αλλαγές που επέφερε η εφαρμογή του ν. 3852/2010 (Πρόγραμμα Καλλικράτης).