Η σχετική αίτηση επιστροφής υποβάλλεται με δυο τρόπους. Πρώτον, απευθείας από το δικαιούχο αγρότη στη ΔΟΥ που διαθέτει τμήμα ελέγχου στη χωρική αρμοδιότητα της οποίας ασκεί μία από τις αγροτικές εκμεταλλεύσεις του.
Η αίτηση επιστροφής υποβάλλεται υποχρεωτικά απευθείας από το δικαιούχο αγρότη σε κάθε περίπτωση που το προς επιστροφή ποσό είναι ίσο ή μεγαλύτερο με 10.000 ευρώ.
Δεύτερον, μέσω συνεταιριστικής οργάνωσης στη ΔΟΥ που διαθέτει τμήμα ελέγχου στη χωρική αρμοδιότητα της οποίας βρίσκεται η έδρα της συνεταιριστικής οργάνωσης.