Ειδικότερα, η Επιτροπή προσφεύγει στο Δικαστήριο κατά της Ελλάδας επειδή η χώρα δεν έλαβε μέτρα τα οποία να διασφαλίζουν την αποτελεσματική αντιμετώπιση της ρύπανσης των υδάτων από νιτρικά άλατα.
Παρόλο που η οδηγία για τη νιτρορύπανση άρχισε να ισχύει το 1991, η Ελλάδα δεν έχει ακόμη καθορίσει μια σειρά από ευπρόσβλητες σε νιτρορύπανση ζώνες και δεν έχει ακόμη θεσπίσει μέτρα για την αποτελεσματική αντιμετώπιση της νιτρορύπανσης στις εν λόγω ζώνες.
Τα νιτρικά άλατα είναι απαραίτητα για την ανάπτυξη των φυτών και χρησιμοποιούνται ευρέως ως λιπάσματα. Ωστόσο, σε υπερβολικά επίπεδα προκαλούν σοβαρή ρύπανση των υδάτων. Η σχετική οδηγία αποσκοπεί στην προστασία της ποιότητας των υδάτων σε όλη την Ευρώπη, με την αποτροπή της ρύπανσης των υπόγειων και επιφανειακών υδάτων από νιτρικά άλατα γεωργικής προέλευσης και με την προώθηση της χρήσης ορθών γεωργικών πρακτικών. Τα κράτη- μέλη οφείλουν να καθορίζουν τις περιοχές που είναι ευπρόσβλητες στη νιτρορύπανση και να θεσπίζουν μέτρα περιορισμού και πρόληψης της ρύπανσης στις εν λόγω περιοχές.