Οι έλεγχοι θα αφορούν στη συμμόρφωση των υπόχρεων και την αποστολή στοιχείων στη Γενική Γραμματεία Πληροφοριακών Συστημάτων, καθώς και την επιβολή των προβλεπόμενων προστίμων σε περίπτωση διαπίστωσης παραβάσεων.
Εκτός από το σύστημα εισροών- εκροών στα πρατήρια, η διυπουργική επιτροπή που έχει συσταθεί στο υπουργείο Οικονομικών, από τους γενικούς γραμματείς των συναρμόδιων υπουργείων, παρακολουθεί και την εξέλιξη της εγκατάστασης και άλλων συστημάτων, όπως σύστημα εισροών- εκροών στις φορολογικές και ελεύθερες αποθήκες, GPS στα βυτιοφόρα, βάση δεδομένων στην ΓΓΠΣ κ.λπ.
Σημειώνεται, επίσης, ότι το υπουργείο Ανάπτυξης, με εγκύκλιο που εξέδωσε μία μέρα νωρίτερα της καταληκτικής ημερομηνίας, επισήμανε στις περιφερειακές υπηρεσίες ότι δεν θα δοθεί καμία παράταση και τους ζήτησε να προχωρήσουν σε σχετικούς ελέγχους.