Η ψηφοφορία πραγματοποιήθηκε έπειτα από μια έντονη συζήτηση στην Ολομέλεια
Η Συμφωνία εγκρίθηκε με την ψήφο των 145 βουλευτών του ΣΥΡΙΖΑ, καθώς και τις ψήφους των Κατερίνα Παπακώστα, Έλενα Κουντουρά, Θανάση Παπαχριστόπουλου, Θανάση Θεοχαρόπουλου, Σπύρου Λυκούδη, Σταύρου Θεοδωράκη, Γιώργου Μαυρωτά, Σπύρου Δανέλλη. Ο Ψαριανός Γρηγόριος ψήφισε «παρών».
Κατά της συμφωνίας ψήφισε ο υφυπουργός της κυβέρνησης και διαγραφείς από τους ΑΝΕΛ Βασίλης Κόκκαλης.
Η ψηφοφορία για τη Συμφωνία των Πρεσπών είχε προγραμματιστεί αρχικά για τα μεσάνυχτα της Πέμπτης, αλλά μετατέθηκε για την Παρασκευή λόγω του πλήθους των βουλευτών που ζήτησαν να λάβουν τον λόγο και να τοποθετηθούν επί της διαδικασίας.