Αρμόδια αρχή για την πιστοποίηση της νόμιμης λειτουργίας των ηλεκτρονικών φαρμακείων στη χώρα ορίζεται ο Πανελλήνιος Φαρμακευτικός Σύλλογος (ΠΦΣ). Αυτό προβλέπει απόφαση των υπουργών Οικονομίας, Γιώργου Σταθάκη και Υγείας, Ανδρέα Ξανθού, με σκοπό «τη δημιουργία ενός ορθού πλαισίου για την προάσπιση της δημόσιας υγείας».
Σύμφωνα με την Κοινή Υπουργική Απόφαση, δικαίωμα έναρξης λειτουργίας ηλεκτρονικού καταστήματος έχουν αποκλειστικά τα φαρμακεία που λειτουργούν νόμιμα στην επικράτεια. Για την εφαρμογή της ΚΥΑ, ο ΠΦΣ θα δημιουργήσει ιστοσελίδα με σκοπό την ενημέρωση των ενδιαφερομένων, την υποβολή αιτήσεων προκειμένου να τους χορηγηθεί η προβλεπόμενη πιστοποίηση (κοινό λογότυπο) και τη δημοσιοποίηση του καταλόγου των πιστοποιημένων ηλεκτρονικών καταστημάτων φαρμακείων.
