Τον Μάιο του 1957, όντας υψηλόβαθμο στέλεχος του Υπουργείου Δικαιοσύνης της Δυτικής Γερμανίας, επέστρεψε στη Θεσσαλονίκη ως τουρίστας, για να αναζητήσει, κατά μία εκδοχή, τον κρυμμένο θησαυρό. Αναγνωρίστηκε από κάποια θύματά του και συνελήφθη, με εντολή του αντιεισαγγελέα του Αρείου Πάγου Ανδρέα Τούση, καθώς εκκρεμούσε εις βάρος του ένταλμα σύλληψης από το 1947 για εγκλήματα πολέμου.
Σχεδόν αμέσως με την προφυλάκισή του άρχισαν οι πιέσεις από τη γερμανική πλευρά για την απελευθέρωσή του. Η κυβέρνηση του Κωνσταντίνου Καραμανλή έδειξε να υποχωρεί. Οι δύο χώρες ήταν τώρα στο ίδιο στρατόπεδο ως μέλη του ΝΑΤΟ και η φτωχή Ελλάδα ήταν εξαρτημένη οικονομικά από τη Δυτική Γερμανία (μετανάστες, δάνεια κλπ). Οι πιέσεις εντάθηκαν τον Νοέμβριο του 1958, όταν ο Καραμανλής επισκέφθηκε επίσημα τη Βόννη, προκειμένου να διαπραγματευτεί τη σύναψη δανείου, ύψους 200.000.000 μάρκων.
Τον Ιανουάριο του 1959 η κυβέρνηση Καραμανλή εισάγει στη Βουλή και ψηφίζει νόμο «περί αναστολής διώξεως εγκληματιών πολέμου», με τη δικαιολογία ότι «πρέπει να παραμεριστούν τα εμπόδια δια την ανάπτυξιν των σχέσεών μας με τη Δυτική Γερμανία», όπως δήλωσε ο Υπουργός Δικαιοσύνης Κωνσταντίνος Καλλίας. Η αντιπολίτευση, με προεξάρχοντες τους Κωνσταντίνο Μητσοτάκη (Κόμμα Φιλελευθέρων), Ηλία Τσιριμώκο (ΕΔΑ) και Σταύρο Ηλιόπουλο (ΕΔΑ), καταγγέλλει την «αμνήστευση των εγκληματιών του ελληνικού λαού» και κατηγορεί την κυβέρνηση ότι έχει υποκύψει σε πιέσεις της δυτικογερμανικής κυβέρνησης, πράγμα το οποίο αρνείται ο υπουργός Εξωτερικών Ευάγγελος Αβέρωφ.
Υπό την πίεση της ελληνικής και της διεθνούς κοινής γνώμης («Η Ελλάδα αμνηστεύει τους σφαγείς της» έγραψαν οι Τάιμς του Λονδίνου) η κυβέρνηση υπαναχωρεί και εξαιρεί τον Μέρτεν από την εφαρμογή του του νόμου (ν.δ. 3933/1959).
Στις 11 Φεβρουαρίου 1959 αρχίζει η δίκη του Μαξ Μέρτεν στο Ειδικό Στρατοδικείο Εγκληματικών Πολέμου της Αθήνας. Προκαλεί διεθνές ενδιαφέρον και την παρακολουθούν άγγλοι νομομαθείς και απεσταλμένοι των μεγαλύτερων εφημερίδων του κόσμου. Ο Μέρτεν ακούει με ολύμπια ψυχραιμία το κατηγορητήριο και δηλώνει αθώος. Οι μάρτυρες κατηγορίας που παρελαύνουν απαριθμούν τα εγκλήματα που διέπραξε στη Θεσσαλονίκη, ενώ μόλις τρεις μάρτυρες καταθέτουν υπέρ του. Στις 5 Μαρτίου 1959, ο πρόεδρος του Στρατοδικείου, συνταγματάρχης Κοκορέτσας, διαβάζει την ετυμηγορία ενοχής του κατηγορουμένου. Στον Μέρτεν επιβάλλεται ποινή φυλάκισης 25 ετών κατά συγχώνευση.
Οι πιέσεις των Γερμανών για την αποφυλάκιση του Μέρτεν φθάνουν στο αποκορύφωμά τους. Η ελληνική κυβέρνηση υπόσχεται στη Βόννη ότι μόλις καταλαγιάσει ο θόρυβος θα τον απελευθερώσει.
Ο Καραμανλής διστάζει να προχωρήσει στην αποφυλάκιση του Μέρτεν, επειδή βρίσκεται προφυλακισμένος (θύμα πολιτικής δίωξης) ένας από τους πρωτεργάτες της Αντίστασης, ο Μανώλης Γλέζος. Η κατάλληλη στιγμή ήλθε τον Αύγουστο του 1959. Με το νόμο 4016, η κυβέρνηση τροποποίησε τη σχετική νομοθεσία (ν.δ. 3933/1959), με αποτέλεσμα να «αναστέλλεται αυτοδικαίως πάσα δίωξις γερμανών υπηκόων φερομένων ως εγκληματιών πολέμου, καθώς και η εκτέλεσις πάσης ποινής ή το υπόλοιπον ταύτης. Αντίγραφα των δικογραφιών αποστέλλονται εις τας γερμανικάς αρχάς».
Με βάση τη διάταξη αυτή, ο Μαξ Μέρτεν αποφυλακίστηκε στις 5 Νοεμβρίου 1959 και απελάθηκε στη Γερμανία, με την προϋπόθεση να εκτίσει εκεί την ποινή του. Όμως, τα γερμανικά δικαστήρια τον απάλλαξαν πλήρως, ελλείψει αποδεικτικών στοιχείων. Ο «Δήμιος της Θεσσαλονίκης» αποδόθηκε λευκός στην κοινωνία.
Στις 28 Σεπτεμβρίου 1960, τα γερμανικά έντυπα «Ηχώ του Αμβούργου» και «Ντερ Σπίγκελ» δημοσιεύουν αποσπάσματα της κατάθεσής του στις γερμανικές αρχές και προκαλούν σεισμό πολλών Ρίχτερ στην Αθήνα. Ο Μέρτεν ισχυριζόταν ότι ο πρωθυπουργός Κωνσταντίνος Καραμανλής, ο υπουργός Εσωτερικών και εξ απορρήτων του Δημήτριος (Τάκος) Μακρής, η σύζυγός του Δοξούλα το γένος Λεοντίδη και ο Υφυπουργός Εθνικής Άμυνας Γεώργιος Θεμελής υπήρξαν συνεργάτες των Γερμανών. Η ελληνική κυβέρνηση διαψεύδει με τον πιο κατηγορηματικό τρόπο τον Μέρτεν, το ίδιο και η γερμανική. Στη Βουλή τα πνεύματα ανάβουν. Βουλευτές της ΕΡΕ επιτίθενται κατά συναδέλφων τους της ΕΔΑ, που ήταν τότε αξιωματική αντιπολίτευση. Σημειώνονται συμπλοκές και η συνεδρίαση διακόπτεται (16 Οκτωβρίου 1960).
Τρεις από τους θιγόμενους, το ζεύγος Μακρή και ο Θεμελής, προχώρησαν σε μηνύσεις, όχι στα γερμανικά δικαστήρια, αλλά στα ελληνικά και πέτυχαν την ερήμην καταδίκη του Μέρτεν για συκοφαντική δυσφήμιση. Πάντως, η δημοσιογραφική έρευνα αποκάλυψε ότι ο Μακρής ως δικηγόρος στην κατοχική Θεσσαλονίκη είχε πολύ καλές σχέσεις με τους Γερμανούς, η σύζυγός του Δοξούλα ήταν γραμματέας του Μέρτεν και ο Θεμελής διορισμένος Νομάρχης. Για τον Καραμανλή δεν βρέθηκε το παραμικρό στοιχείο που να επιβεβαιώνει τον ισχυρισμό του Μέρτεν.
Ο Μέρτεν απασχόλησε και μεταθανάτια την Ελλάδα, με τη μεγάλη κινητοποίηση του 2000 για την ανεύρεση του εβραϊκού θησαυρού της Θεσσαλονίκης, που σύμφωνα με κάποια πληροφορία, βρισκόταν στο βυθό στ' ανοιχτά της Φοινικούντας . Την πληροφορία φέρεται να έδωσε σε έλληνα συγκρατούμενο ο ίδιος ο Μέρτεν. Ο θησαυρός δεν βρέθηκε ποτέ. sansimera.g
