α) Είτε απευθείας από τον δικαιούχο αγρότη στη ΔΟΥ που διαθέτει τμήμα ελέγχου στη χωρική αρμοδιότητα της οποίας ασκεί μία από τις αγροτικές εκμεταλλεύσεις του.
Η αίτηση επιστροφής υποβάλλεται υποχρεωτικά απευθείας από τον δικαιούχο αγρότη σε κάθε περίπτωση που το προς επιστροφή ποσό είναι ίσο ή μεγαλύτερο με 10.000 ευρώ.
β) Είτε μέσω συνεταιριστικής οργάνωσης στη ΔΟΥ που διαθέτει τμήμα ελέγχου στη χωρική αρμοδιότητα της οποίας βρίσκεται η έδρα της συνεταιριστικής οργάνωσης. Στην περίπτωση που οι αιτήσεις επιστροφής υποβάλλονται μέσω συνεταιριστικών οργανώσεων, υποβάλλονται συγχρόνως και τα πρωτότυπα φορολογικά στοιχεία στις αρμόδιες ΔΟΥ.
Ως νόμιμα φορολογικά στοιχεία γίνονται δεκτά και τα τιμολόγια αγοράς, στην περίπτωση που λόγω μη έγκαιρης προσαρμογής στον νέο τρόπο τιμολόγησης, από 1.6.2010, οι αγοραστές αγροτικών προϊόντων δεν έχουν εκδώσει το προβλεπόμενο από τις διατάξεις του ΚΒΣ συνενωμένο στοιχείο «Δελτίο Αποστολής - Τιμολόγιο».
Η επιστροφή ενεργείται εντός μηνός από την ολοκλήρωση του ελέγχου. Αιτήσεις επιστροφής δεν γίνονται δεκτές εάν το αιτούμενο προς επιστροφή ποσό είναι μικρότερο των 20 ευρώ.
