Όταν λόγω των εκλογών, ματαιώθηκε ο διαγωνισμός, στις Ολυμπιακές Αερογραμμές είχε ανατεθεί η κάλυψη των άγονων γραμμών μέχρι της 30/11/2009.
Προκειμένου λοιπόν να καλυφθεί το χρονικό διάστημα από 01/12/2009 μέχρι 01/04/2010 προκηρύχθηκε και πραγματοποιήθηκε στις 02/11/2009 διαγωνιστική διαδικασία διαπραγμάτευσης, με την συμμετοχή των εταιρειών που είχαν συμμετάσχει στον ακυρωθέντα διαγωνισμό.
Όπως αναφέρεται σε ανακοίνωση της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας, μετά την αξιολόγηση των προσφορών από τις 24 άγονες γραμμές, δέκα κατακυρώθηκαν στην εταιρεία ATHENS AIRWAYS , πέντε στην εταιρεία SKY EXPRESS, ενώ για τις υπόλοιπες εννέα ο διαγωνισμός απέβη άγονος και επαναπροκηρύχθηκε νέα διαδικασία διαπραγμάτευσης μεταξύ των ιδίων εταιρειών και αναμένεται η υποβολή των προτάσεών τους.
Συγκεκριμένα η ATHENS AIRWAYS ανέλαβε τις γραμμές από Αθήνα για Ικαρία, Κύθηρα, Κάρπαθο, Σκιάθος, καθώς και τις γραμμές Θεσσαλονίκη - Χίος , Αλεξανδρούπολη - Σητεία, Άκτιο- Σητεία
Θεσσαλονίκη - Κέρκυρα, Κέρκυρα - Άκτιο - Κεφαλλονιά - Ζάκυνθος
Θεσσαλονίκη - Σάμος
Στην SKY EXPRESS δόθηκαν οι γραμμές: Λήμνος - Μυτιλήνη - Χίος - Σάμος- Ρόδος, Αθήνα - Σκύρος, Θεσσαλονίκη - Σκύρος, Αθήνα - Σητεία
και Θεσσαλονίκη - Καλαμάτα.
Οι γραμμές που επαναπροκηρύσσονται είναι από Αθήνα για Αστυπάλαια, Λέρο, Μήλο, Νάξο, Πάρο, Κάλυμνο, καθώς και οι γραμμές Ρόδος - Κάρπαθος - Κάσος - Σητεία, Ρόδος - Κως - Λέρος - Αστυπάλαια και Ρόδος - Καστελόριζο.
